これは、ページのURLがインラインアンカー付きの場合に、page.tpl.phpに記述したjQueryの処理がコールされないという不具合です。(最新版Drupal 6.9でも発生）
問題の発生するURLの例：www.sample.com/node/8#comment-3
この原因はDrupalのCoreにあるtableheader.jsファイル中の不具合によりページロード時にエラーが発生することによりjavascriptの処理が中断してしまい、page.tpl.phpのready関数で指定した処理がおこなわれないことによるものです。
この対策としては、以下のページにあるパッチをtableheader.jsに導入することで解決します。
tableheader.js error with anchors
http://drupal.org/node/367088ここにあるパッチcore-367088-1.patchファイルをDrupalのルートディレクトリにコピーして、patch -p0 < core-367088-1.patch をおこなってパッチをあてればOKです。